L'objectiu final dels estudis de Doctorat en Economia Aplicada és preparar als estudiants perquè siguin capaços de completar una recerca original, complexa i innovadora; que constitueixi una aportació important a la disciplina i que tingui una rellevància pràctica per als actors econòmics, el govern i els mercats. La recerca es materialitzarà en l'elaboració d'una tesi doctoral. Es pretén, per tant, formar doctors i doctores que realitzin una tasca investigadora de qualitat, que es presenti a congressos internacionals i que es publiqui en les revistes de major impacte, obtenint la difusió més gran entre la comunitat científica. A més de ser acadèmicament rellevant, es pretén que la recerca sigui d'utilitat per a la societat, oferint als decisors, públics i privats, coneixement avançat.

La finalitat principal del Doctorat en Economia Aplicada és formar investigador en Economia i, per tant, les sortides professionals estan relacionades amb desenvolupar aquesta tasca en un àmbit acadèmic, exercint de docents i investigadors en diferents centres de recerca i universitats espanyoles i estrangeres. En aquest sentit, cal destacar el suport que s'ofereix als candidats al Job Market d'economistes. Més enllà de la carrera acadèmica, els doctors en Economia són valorats en altres àrees professionals com consultoria, serveis financers, administracions públiques (europees, nacionals i autonòmiques), organitzacions nacionals i internacionals, privades i públiques (Banc Mundial, Unió Europea, Bancs Centrals de diferents països, etc.), think-tank o, fins i tot, departaments de R+D o càrrecs directius de grans empreses.